钩端螺旋体病因临床类型不同，病情轻重不一，因而预后有很大的不同。轻型病例或亚临床型病例，预后良好，病死率低；而重症病例如肺大出血、休克、肝肾功能障碍、微循环障碍、中枢神经严重损害等其病死率高。钩端螺旋体病的平均死亡率10%左右。如能在起病2日内应用抗生素和对症治疗，则病死率可降至6%以下。无黄疸型钩体病在国内外的病死率最低为1%～2%左右，有眼和神经系统并发症者有时可长期遗留后遗症。