HBV及HCV基因分型有助于判断治疗的难易程度及制定抗病毒治疗的个体化方案。HCV的Simmonds分型法应用广泛，分6个基因型及不同亚型，将HBV分为A～H8个基因型，目前多认为A型对干扰素治疗的应答率更高，但尚需要深入的研究加以证实。不同基因型肝炎病毒的地理分布存在着差异。
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