教学机构：基础医学院（基础中医研究所）、中医学院（中医研究所）、针灸康复临床医学院、护理学院、经济管理学院、马克思主义学院、外国语学院、医学信息工程学院、继续教育学院（职业技术学院、广东中医药职业学院）、运动与健康学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、第五临床医学院、国际学院广州中医药大学校长。

科研机构：临床药理研究所、热带医学研究所、脾胃研究所、高等教育研究所（中药发展研究中心）、中药资源研究与工程中心、国际中医药转化医学研究院、青蒿研究中心、华南针灸研究中心广州中医药大学校长。

教学辅助部：实验动物中心、期刊中心、信息中心、招标中心、图书馆、医院管理中心、后勤组。

所属单位：第一附属医院、第二附属医院、第三附属医院、广东附属医院、资产管理有限公司

直属单位：广东省中医药博物馆、广州中医药大学中医药数学工程研究所

党群组织：工会、团委