中国农业大学源于1905年创建的京师大学堂农学院。1949年9月，北京大学农学院、清华大学农学院、华北大学农学院合并，成立北京农业大学。1952年10月，北京农业大学农机系与华北农机学院、中央农业部机械化农业学校合并，成立北京机械化农学院。同年11月，平原农学院并入北京机械化农学院。1953年7月，更名为北京农业机械化学院。1985年10月，更名为北京农业工程大学。1995年9月北京市中国农业大学北京市中国农业大学，北京农业大学与北京农业工程大学合并，成立中国农业大学。

长期以来，学校建设与发展受到国家高度重视。北京农学院1954年被国务院列为全国6所重点大学之一，1984年被列为全国10所重点大学之一。北京农机化学院1960年被列为全国64所重点大学之一。学校1995年进入首批“211工程”建设，2004年被确定为“985工程”高水平研究型大学，2023年入选一流大学建设高校（A类）。