学院前身是1978年10月创办的福建银行学校，1985年5月在此基础上成立福建金融职业技术学院，面向全国招生。福建银行学校创办于1978年10月。1979年，为加强对全国银行技术学校的统一领导，中国人民银行于9月4日在江西庐山召开全国银行技术学校工作会议，确定全国各省（自治区、直辖市）银行技术学校实行双重管理体制，即挂靠中国人民银行，委托省人民银行管理。

1980年5月福建省政法管理干部学院，省人行党委决定银行学校面向社会招收中专学生，同时作为人行系统干部培训基地。至此，福建银行学校初步奠定了双重管理体制（总行和分行）、两个基地（培养中专人才和培训干部）的基础。1981年，首山校舍落成。经过办学建设的发展，教学条件逐步改善，师资队伍不断充实，专业设置更加齐全，招生规模相应扩大，办学工作逐步步入正轨。1985年5月福建省政法管理干部学院，在此基础上成立了福建金融管理干部学院。2000年，根据国务院文件精神，学院由中国人民银行划转福建省管理，直属福建省教育厅领导。 2004年2月，经福建省政府批准，福建金融管理干部学院更名为福建金融职业技术学院，由成人高校转制为普通高校。