税法规定，企业代收的款项必须按规定缴纳增值税、消费税或营业税。与收入无关的费用不得在企业所得税前扣除，但企业代收代缴的财政费用另有规定。目前，企业代收代缴的款项有以下三类，其对应的税务处理也有所不同。 （一）企业代收政府性基金和行政事业性收费的税务处理首先，《增值税暂行条例实施细则》第十二条、《消费税暂行条例实施细则》第十四条、《营业税暂行条例实施细则》第十三条明确规定，纳税人代收的政府性基金或行政事业性收费，同时符合下列条件的，不作为价外费用，不计入销售（营业）收入总额计算缴纳增值税、消费税或营业税：经国务院或财政部批准的政府性基金、经国务院或省级人民政府及其财政、价格主管部门批准的行政事业性收费；征收时开具省级以上财政部门印制的财政票据；征收资金全额上缴财政。同时，企业所得税法第七条、企业所得税法实施条例第二十六条规定，企业在实施社会公共管理，向公民、法人或者其他组织提供特定公共服务过程中，依照有关法律、法规等规定并按照国务院规定的批准程序征收的，向特定对象征收的纳入财务管理的行政事业性收费，以及依照有关法律、行政法规等规定代政府征收的专项用途的政府性基金，免征企业所得税。
例如自来水公司收取的水污染处理费、水泥厂收取的散装水泥基金等。其次，根据《财政部、国家税务总局关于财政资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2008]151号），企业依照法律、法规和国务院有关规定代收代缴国库的政府性基金和行政事业性收费，允许作为非应税收入纳入收入总额，在缴库当年计算应纳税所得额时从收入总额中扣除；未缴库的部分，不得在收入总额中扣除。因此，企业应及时将代收代缴的各项政府性基金和行政事业性收费缴纳给财政部门，减少会计核算上的麻烦和多交企业所得税的风险。如代国库征收的城市垃圾处理费、市政公用设施有偿使用费、河道治理费等。 （二）政府性基金、行政事业性收费的税收处理 根据财税[2008]151号文件的规定，企业按照规定支付的经国务院或财政部批准的政府性基金和国务院和省、自治区、直辖市人民政府及其财政、价格主管部门批准的行政事业性收费，准予在计算应纳税所得额时扣除。此外，企业支付的不符合上述批准和管理权限的其他基金、费用，不得在计算应纳税所得额时扣除。 （三）收到财政补助的税务处理 第一什么是政府性基金，根据企业所得税法第七条、企业所得税法实施条例第二十六条的规定，各级人民政府拨给纳入预算管理的事业单位、社会团体和其他组织财政性资金，以及经国务院财政税务主管部门批准用于专项用途的财政性资金，是免征企业所得税的收入。
如贷款贴息、先征后退的增值税返还等。但是国务院和国务院财政税务主管部门另有规定。二、根据财税[2008]151号的规定，企业取得符合下列条件的财政性资金，允许作为非应税收入，在计算应纳税所得额时扣除：1.企业取得的国务院财政税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金。2.财政部门或上级单位按照批准的预算和资金报告关系，纳入预算管理的事业单位、社会团体和其他组织收到的财政补助。但是国务院和国务院财政税务主管部门另有规定。总之什么是政府性基金，纳税人需要注意以下三点：1.企业取得的财政资金，是指企业从政府及其有关部门取得的财政补贴、补助、贷款贴息和其他各类财政专项资金，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后退的各类税收，但不包括企业按规定取得的出口退税。2.企业以非应税收入支出而发生的费用，在计算应纳税所得额时不得扣除；企业以非应税收入支出而形成的资产折旧、摊销，在计算应纳税所得额时不得扣除。3.企业取得的各类财政资金，应先计入企业当年收入总额，再按企业所得税计算程序，在计算应纳税所得额时，按照上述规定从收入总额中扣除。但国家作为投资者直接向企业进行投资并按照有关规定相应增加企业的实缴资本（股本），且使用后须返还所投入资金本金的除外。
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